El MEJ, tal y como lo conocemos, es fruto de una larga evolución cuyas raíces se remontan a una casa de formación de la Compañía de Jesús, en Vals, cerca de Puy, Francia. El día de la fiesta de San Francisco Javier, 3 de diciembre de 1844, el Padre espiritual Francisco Javier Gautrelet, hizo la famosa exhortación de la que nació el Apostolado de la Oración (AO). Deseoso de satisfacer la impaciencia de sus hermanos jóvenes por marchar en misión a lejanas tierras, les exhortó a ser misioneros ya, desde sus estudios, por medio de la oración y el ofrecimiento diario de la vida, en unión con Jesucristo en la Eucaristía.

En 1865, el Padre espiritual del Colegio Tívoli de Burdeos, Leonardo Cros, instituye la "Milicia del Papa". Es el año en que Pío IX, amenazado por las tropas garibaldinas, hace un llamamiento a los hombres católicos, adultos y jóvenes, a que acudan en su ayuda. Es el momento en que comienza la epopeya de las milicias pontificias. Muchos estudiantes están impacientes por enrolarse. Y la historia se repite: para calmar su impaciencia, el P. Cros asume la idea del P. Gautrelet y explica a los jóvenes que pueden ser los soldados del Papa a su manera, con sus oraciones, horas de silencio, sacrificios y comuniones. La idea se difunde con gran rapidez por los Colegios y Residencias de Francia, Bélgica, Canadá, Inglaterra y por todo el mundo católico.

En 1870, el P. Enrique Ramière, sucesor del P. Gautrelet, pide a Pío IX que otorgue su bendición a esta Milicia Pontificia. En la carta que acompaña su petición, explica que esta es una sección del AO, adaptada a los jóvenes cristianos, para defender la causa de la Santa Sede con sus armas propias, especialmente la Comunión frecuente e intensas horas de estudio, ofrecidas por esta intención. Y añade que esta Milicia cuenta ya con 100.000 miembros en todo el mundo y que, allí donde está presente, crece la participación en la vida sacramental, no sólo entre los alumnos, sino también entre sus profesores y padres. Esto dará el resultado de que, en 1881, en el 1er Congreso Internacional de Lille, se diga: "el AO es una cruzada eucarística permanente".

A fin de que los niños que asisten a las escuelas primarias públicas y libres no queden al margen de esta renovación sacramental, en 1883 el P. Ramière emprende una campaña a favor de la comunión mensual de los niños en las parroquias. Se publican los decretos de Pío X de 1905 y 1910 sobre la Comunión Frecuente y la Comunión Temprana, respectivamente, para reforzar la vida eucarística de los fieles. De ello resulta que, de 1911 a 1914, nacen las Ligas Eucarísticas fundadas para niños, adolescentes y adultos, con objeto de poner en práctica estos decretos. Dentro de uno de dichos grupos, el de Burdeos, aparece en 1915 la "Cruzada Eucarística de los Niños" propiamente dicha.

En 1932, el P. Ledochowski, Padre General de los Jesuitas, obtiene de Pío XI el reconocimiento de la Cruzada Eucarística del AO, como Asociación Primaria. En 1958, Pío XII aprueba con carta autógrafa las Nuevas Normas de la Cruzada Eucarística. En seguida el P. General Juan Bautista Janssens pide a todos los Provinciales jesuitas que asignen a ese ministerio hombres competentes: "Tres o cuatro Padres que se consagren enteramente a la Cruzada Eucarística, la organicen sólidamente, formen los promotores de la misma, dirijan las revistas periódicas y den formación religiosa y moral a cientos de miles de niños y adolescentes".

Durante la peregrinación a Roma en 1960, de 3.522 delegados de la Cruzada Eucarística de Francia, en el 50º aniversario del Decreto de Pío X sobre la Comunión temprana, Juan XXIII evitó emplear la palabra "cruzada" en su alocución. Por haber sido nuncio en Turquía, sabía que el recuerdo de las cruzadas debía soslayarse. La Cruzada Eucarística de Francia en 1962 cambia de nombre y pasa a llamarse "Movimiento Eucarístico Juvenil". Pero no se trata sólo de un cambio de denominación: es cuestión de un impulso nuevo que impone al Movimiento características específicas; de éstas, una de las más importantes es que el Movimiento ofrece a cada etapa de la vida del niño y del adolescente nombres, objetivos y métodos específicos de formación. Otros países como Italia, España, Chile, Argentina, Madagascar, etc., hacen lo mismo, con un programa adaptado a los niños y adolescentes de cada país.